Os Ninjas são monstros que aparecerem a partir do episódio 103 (Vírus) em Code Lyoko Evolution. Os Ninjas não são monstros de XANA, na verdade são controladas por pessoas, eles conhecem os movimentos dos Guerreiros de Lyoko, são rápidos e atacam usando duas espadas. Os Ninjas obedecem as ordens do Professor Tyron (novo inimigo e aliado deXANA).
